Пушкин считал свое произведение историческим романом. И все же «Капитанская дочка» — небольшое по величине произведение. В литературоведении ее чаще называют повестью.
Основная тема «Капитанской дочки» — соотношение частной судьбы человека и исторических событий. Казалось бы, роль частного, маленького человека в истории ничтожна: он песчинка в руках судьбы, зерно в жерновах грозных событий. Но у Пушкина на это свой взгляд. Он прослеживает случайности и закономерности как в судьбе отдельного человека, так и в исторических событиях.
Многие ситуации в повести происходят как бы «вдруг», случайно: решение отца отправить сына в армию, встреча Гринева с «вожатым», штурм Белогорской крепости, неожиданные встречи героев, счастливые избавления от опасностей и т. д.
Но все «случайности» сюжета «Капитанской дочки» подчинены закономерности свободного выбора личности в обстоятельствах, предложенных ей историей.
Для Пушкина важно, свободен ли человек от власти обстоятельств или подчинен ей. Пугачев, в чьих руках громадная власть вершить человеческие судьбы, не свободен от той стихии, что привел в движение; оренбургский генерал, отказывающийся послать Гринева на бой за Белогорскую крепость, не свободен от своей осторожности; Швабрин не свободен от собственного страха и душевной подлости.
Гринев свободен до конца и во всем, поскольку его действия подчинены велению сердца. Именно подчиненность нравственному закону, готовность заплатить жизнью за свою честь и любовь делает дворянина Гринева до конца свободным.
Человек, по Пушкину, не жалкая щепка, тонущая в волнах истории. У него всегда есть выбор. В «Капитанской дочке» выбор делают все герои. Иногда этот выбор удивительным образом смыкает противоположности. Можно говорить о зеркальности композиции этого произведения: Гринев и Маша совершают отчаянные поступки ради спасения любимых, обращаясь за помощью к тем силам, которые не должны им помогать в этих ситуациях. Императрица, исходя из государственных интересов и по закону, должна казнить Гринева как предателя и сообщника Пугачева. Но она милует его, прощает, поступая милосердно и человечно.
Согласно своей разбойничьей природе, своему «закону», Пугачев должен был убить Гринева, не присягнувшего ему. Но он этого не делает, подчиняясь тому же закону человечности, благодарности за добро и честность, который заставляет и императрицу помиловать Гринева. В пушкинском произведении враги поступают одинаково нелогично, но милосердно, а значит, по Пушкину, правильно.
Автор в этом повествовании ни на чьей стороне: он не симпатизирует действиям Пугачева, он не прославляет героизм войск государыни. Не эти действия оказываются главными в движении истории. Пушкин убежден, что «лучшие и прочнейшие изменения суть те, которые происходят от одного улучшения нравов, без всяких насильственных потрясений».
В повести «Капитанская дочка» сошлись все темы пушкинского творчества 1830-х годов: место «обычного» человека в великих исторических событиях, свобода выбора в жестоких социальных обстоятельствах, закон и милосердие.